Thầy Nguyễn Doãn Thống quê ở huyện Hương Trà, Thừa Thiên - Huế, thuộc dòng dõi thế gia vọng tộc của đàng Trong. Theo bộ quốc sử triều Nguyễn Đại Nam liệt truyện, Chính biên, tập 2, quyển 12 viết về thầy: “Gia thế làm quan, có học hành, tính cương trực, nghiêm chỉnh”, do đó, ông được người đời nể phục cả về học vấn và đạo đức.
Ban đầu, thầy được Võ vương Nguyễn Phúc Khoát (1714 - 1765) bổ chức Thị học để lo dạy dỗ hoàng trưởng tử Nguyễn Phúc Chương. Sau khi Hoàng trưởng tử Chương mất sớm, thầy Nguyễn Doãn Thống vẫn tiếp tục được giao dạy các hoàng tử trong cung.
Khi quân đội Lê - Trịnh chiếm Phú Xuân năm 1774, thầy Nguyễn Doãn Thống ẩn ở Phú Xuân rồi tìm cách vượt biển đưa gia đình vào Gia Định, yết kiến chúa Duệ Tông Nguyễn Phúc Thuần tại Tam Phụ ngay năm 1775. Duệ Tông liền bổ dụng thầy Nguyễn Doãn Thống lo việc học của hoàng tôn Nguyễn Phúc Ánh, là cháu gọi Duệ Tông bằng chú.
Vua Gia Long.
Năm 1777, Duệ Tông Nguyễn Phúc Thuần và Tân chính vương Nguyễn Phúc Dương và đa số tôn thất nhà Nguyễn bị quân Tây Sơn giết, chỉ còn lại mỗi hoàng tôn Nguyễn Phúc Ánh. Năm sau, Nguyễn Phúc Ánh lên tuổi 17, được tướng sĩ tôn phong Đại nguyên soái Nhiếp chính vương. Nguyễn Ánh liền bổ dụng thầy Nguyễn Doãn Thống làm Ký lục Phiên Trấn (Gia Định).
Ký lục là chức quan văn tại công đường các trấn, cùng với Cai bạ, là phụ tá của quan Trấn thủ. Quan Ký lục là người quản lý mọi mặt hành chính tại một dinh hoặc trấn.
Đến năm 1780, Nguyễn Ánh tiếp tục tôn phong thành Nguyễn Vương. Khi Nguyễn Vương phải trốn tránh quân Tây Sơn qua trú tại Vọng Các (thủ đô Bangkok, Thái Lan ngày nay), thầy Nguyễn Doãn Thống không theo kịp Nguyễn Vương, đành tạm trốn trong dân.
Play
Năm 1788, Nguyễn Vương tái chiếm Gia Định, thầy được phục chức Ký lục Phiên Trấn. Quan Ký lục tổ chức chu toàn việc dạy và học trấn, là môi trường đào tạo và tuyển bổ nhiều người tài để phò Nguyễn Vương trong công cuộc nhất thống thiên hạ.
Sách Đại Nam liệt truyện chỉ viết một câu mà nổi bật thành tích của thầy Nguyễn Doãn Thống: “Yêu dân, mến học trò, tiếng tăm công trạng rõ rệt”. Thầy Nguyễn Doãn Thống qua đời năm 1791 ở Gia Định, Nguyễn Vương thương tiếc, truy phong lên cấp Lại Bộ.